若還沒看過氮磷鉀的特性與在生理上扮演的角色可以先參考看看，今日我們來比較看看有機(質)肥料 與化學肥料 的差異。
來自有機生物體的有機質肥料
有機質肥料的製作原料是來自生物產生的有機廢棄物，或者是生物死亡後的遺體，例如：禽畜排泄物、果皮、菜渣、廚餘、農林畜牧業下腳料...等。我們將這些材料以特定比例混合，調整碳氮比與濕度，並加入微生物來發酵分解這些材料，製成有機質肥料。等待發酵的這段期間必需要定期翻堆、補充水分、調整碳氮比...等作業，大約經過3~6個月後，堆肥的性質趨向穩定，此時我們就稱之完全腐熟，這些腐熟後的有機質材料就變成所謂的有機質肥料。
完全腐熟的有機質肥料其肥份總和通常在3~5%上下，是因為多數有機廢料自帶肥含量通常落在5%~10%左右，再加上發酵過程中微生物繁殖與分解也會消耗掉不少養分。因此如果發酵前，未特別添加肥份特別高的材料(例如豆粕粉、肉骨粉)，發酵後得到的有機肥肥料含量很難超過6%。所以，有機質肥料的功用主要還是以補充土壤有機質為重點，以及提高土壤有機質含量，讓化肥在合理施用的情況之下，能夠停留更久，提高施肥效率。
補充土壤有機質，營造土壤良好環境，提供微生物好的居住環境，促進作物與微生物共存共榮
有機質肥料肥份雖然有限，但其富含的有機質對於土壤的團粒結構提升有幫助，亦提供土壤有益微生物一個居住空間與食物來源。有機質能吸附土壤中的肥料與營養鹽，並經微生物再分解之後重新是放出來供農作物吸收利用，這種性質使得有機質肥料非常適合作為基礎肥使用。此外，有機質肥料在經過微生物發酵分解之後會產生一些具有活性官能基的次級代謝物，例如吲哚酸、酚酸等物質，這些次級代謝物具有促進農作物生長、維持健康之正面效果。另外，目前台灣的有機農業規範亦明確規定，有機栽培是不能使用化學肥料，所以有機質肥料的好壞，對有機農夫的影響可是非常大的。
工業化大量生產的化學肥料
化學肥料是指利用石化原料(天然氣)或天然礦物，經工業化工藝轉換或提煉生產的農作物化學營養素。化學肥料的純度與肥份含量高，同樣重量的化學肥料能提供給農作物的肥份是有機質肥料的數倍。1960年代的綠色革命以後，地球能養活我們數十億人口，化學肥料可謂功不可沒。但因為大量地濫用，化學肥料也為環境帶來不少負面的影響。
目前我們常用的化學肥料可簡單分為單質肥料 與複合肥料 兩種，使用的時機與訣竅也大不相同。
1.單質肥料
單質肥料就是指只含氮磷鉀其中一種肥份的化學肥料，像是尿素、硫酸銨、氯化鉀、硫酸鉀與過磷酸鈣，都是常見的單質肥料。這些單質肥料的優點就是肥份含量高，但相對地容易被過量使用造成浪費。
這類單質肥料比較適合針對特定效果時使用。舉例來講，水稻插秧後，希望秧苗能快速長大，可以用尿素或硫酸銨補充氮肥，加速水稻生長。或者是果樹果實採收之前，施用氯化鉀或硫酸鉀來促進養分回流至果實提高甜度。
2.複合肥料
複合肥料，是指在原本單質肥料上，額外添加其他種單質肥料或有機質(有機複合肥)，形成具有兩種以上肥份的肥料。像是常用的1號、6號、43號，都屬此類。
複合肥料所含的養分較全面，能夠提供農作物的肥料較為完整，其中有機複合肥因含有較多的有機質，因此會比化學複合肥適合作為地面追肥使用，若是要從葉面上追肥則需使用複合即溶肥。複合肥料的優點就是我們能選擇自己喜歡的比例，再添加其他種單質肥料來微調出我們所設定的肥份比例，不至於使肥份過度偏向單一種方向。
三、有機質肥料與化學肥料的異同
這兩種肥料除了原料來源跟製作過程不同之外，其中所蘊藏的氮、磷、鉀的結構是完全相同的。就好比有的人吃菜，有人的吃肉，菜跟肉進去消化系統之後，一樣都要被分解成葡萄糖、胺基酸跟脂肪酸等小分子養分，才能被我們人體吸收，這跟農作物吸收氮磷鉀肥的道理是相同的。
有人或許會害怕化學肥料會不會有不知名的化學物質，但事實上以台灣現在市場上流通的化學肥料稍微認真研究尋找一下，都能找到純度高雜質少的優質化肥。反倒是有機質肥料，原料來源有沒有重金屬汙染、會不會有雜菌或病菌殘存，才是我們更該注意的重點。
對於習慣慣行栽培的農民或有心投入無毒栽培的新農民，我們希望能夠協助大家正確地使用有機肥料與化學肥料並減少農藥的使用，將慣行農業升級為現代科學農業，兼顧環境安全又能維持產量，這樣才對生產者、消費者與環境都是有利的三贏結果。
四、結語
化學肥料並不像一些人所形容的這麼可怕，有機質肥料也不是萬靈丹。無論是用哪一種肥料，只要你能夠正確地認識它並適時適量使用它們，它們都可以是好肥料，不會造成環境、農作物跟錢包的負擔。
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以上是有機質肥料與化學肥料的簡單介紹，下一篇我們要來探討，關係到作物能吸收多少營養的肥料有效濃度，請大家密切注意我們的部落格^^
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1090827 更新
1030320 發布
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